سازمان دیده بان حقوق بشر ضمن انتقاد از اعدام شیخ باقر نمر النمر عالم برجسته دینی، تأکید کرد که فرآیند بررسی اتهامات وی، غیرعادلانه بوده است.
به نوشته روزنامه گاردین، «سارا لی ویتسون» مدیر خاورمیانه این گروه در این رابطه گفت: «فارغ از هر جرم ادعایی، اعدام دسته‌جمعی زندانیان، تنها وضعیت حقوق بشری عربستان را که پیش از این هم وخیم بود، لکه‌دارتر می‌کند.»
به نقل از فارس نیوز، ویتسون با «ناعادلانه» خواندن فرآیند محاکمه شیخ نمر، گفت: اعدام وی تنها «به افزایش تنش‌های فرقه‌ای و ناآرامی» در عربستان منجر می‌شود.
خانم ویتسون افزود: «تنها راه عربستان به سمت ثبات در استان‌های شرقی، پایان دادن به تبعیض سیستماتیک علیه شهروندان شیعی است، نه اعدام.»
در شهر القطیف در شرق عربستان، عزای عمومی اعلام شده است و همراه با بسته شدن برخی راهها، تظاهرکنندگان در خیابان انقلاب این شهر تجمع کرده و شعار الموت لآل سعود سر دادند.
اعتراضات در منطقه العوامیه در نزدیکی القطیف نیز جریان پیدا کرده و نیروهای امنیتی نیز در این شهر حضور گسترده‌ای دارند.
در بحرین، هزاران تن ساعتی بعد از انتشار خبر اعدام شیخ «نمر باقر النمر» رهبر شیعیان عربستان، تظاهرات کردند. بحرینی‌ها ضمن سر دادن شعار «مرگ بر آل سعود»، تاکید کردند که خون شیخ نمر هرگز بدون پاسخ نخواهد بود. این تظاهرات به درگیری با نیروهای امنیتی و پرتاب گاز اشک‌آور منتهی شد.
در عراق نیز، بسیاری از نمایندگان پارلمان این کشور، این جنایت را محکوم کرده‌اند.
حزب‌الله لبنان هم در بیانیه‌ای با محکوم کردن اعدام آیت‌الله النمر، تأکید کرد: الشیخ النمر خواهان حق خون‌های ریخته شده مردم مظلوم بود و برای همین هم حاکمان سعودی اعدامش کردند.
مفتی اعظم سوریه هم با محکوم کردن اعدام شیخ النمر، این اقدام عربستان را یک جنایت توصیف کرده است.
احمد جبرئیل فرمانده کل «جبهه مردمی برای آزادی فلسطین» هم در واکنش به اعدام «نمر باقر النمر» رهبر شیعیان عربستان توسط آل‌سعود اعلام کرد این اقدام حاکی از آن است که ریاض بر دامن زدن به آتش‌افروزی فرقه‌ای اصرار دارد.
علمای دینی ایران نیز اعدام شیخ نمر توسط ال سعود را به شدت محکوم کرده اند و سپاه پاسداران ایران نیز با صدور بیانیه ای گفته است "بی شک دست خبیث سردمداران نظام سلطه و صهیونیسم و پیاده نظام های منفور و پلید آنان در سرزمین حجاز که در پس جنگ ها و جنایات جاری در منطقه برای تشدید شکاف بین مسلمانان نمایان است با اراده امت اسلامی بویژه مردم مسلمان عربستان اعم از شیعه و سنی قطع خواهد شد."
روزنامه گاردین انگلیس، در گزارشی با عنوان «شیخ نمر النمر؛ روحانی شیعه که خاری در چشم رژیم سعودی بود»، نوشت: «نمر که اعدام او موجی از محکومیت در مناطق مختلف را به دنبال داشته است، به صورت واضح حامی اعتراضات و تظاهرات‌های دموکراسی‌خواهانه بود».
خبرگزاری رویترز نیز در انعکاس این خبر اظهارات یک قانونگذار عراقی را منتشر کرد که گفته بود، اعدام شیخ نمر در واقع در راستای منافع تکفیری‌های داعش بوده است.